雅各葛林伯格曾建立了一個名為 “意識研究中心” 的實驗室，專注於人類意識的性質，試圖透過科學方法驗證心靈現象。他的工作包括腦電波同步研究和對心靈感應的實驗。他提出了 “Sintergia理論” ，試圖解釋宇宙是一個整體意識網路，人類的知覺是其投射的結果。他的研究涵蓋量子意識、薩滿教儀式與科學之間的交集，並與多位墨西哥薩滿進行合作，包括知名的瑪麗亞莎賓娜（Maria Sabina）。
Sintergia理論為具有哲學性及科學性，用於探索意識與現實之間的關係。在其核心觀點中，假設宇宙中存在一個連續的能量場，這個場是所有現象的基礎。人類的感知系統只能接收和處理這個能量場中的一小部分，並通過神經系統將其轉化為我們認知的 “現實”。
而這現實的建構，其理論認為，現實不是外界客觀存在的，而是由意識主觀創造的結果，其意識通過與這個能量場的交互構建出人們的經驗和現實。雅各葛林伯格提出，通過冥想、心靈感應或靈性實踐，意識可以改變或擴展人們對能量場的感知範圍，從而改變人們的現實。簡言之，人的意念，可以改變現狀。這與一些量子物理理論，例如觀察者效應相呼應，即觀察者的意圖，會影響量子事件的結果。
他也提出，人類的意識透過與原初矩陣的互動，將抽象的潛能「具體化」，形成人們對外部世界的主觀體驗。也因此，知覺不是被動地接收外部世界的刺激，而是由意識主動創造出來。他透過與合作的經驗顯示，靈性儀式中的改變意識狀態，如冥想或服用致幻劑，可能是與原初矩陣建立更深層連結的一種方式。
由於他的研究，已近乎可以透過科學及薩滿儀式的方式，操控人類心靈及行為，因此對於美國中央情報局（Central Intelligence Agency；CIA），開始盯上他。CIA一直熱衷於研究操控人類心靈及行為，在得知雅各葛林伯格的研究後，大量蒐集他的研究報告及資料。
1994年12月8日，墨西哥城夜色漸濃。雅各葛林伯格的實驗室燈光依舊明亮。他坐在電腦前，與助手合力完成一份機密文件。他認為這是一項驚人的發現，一個描述意識如何影響現實的完整理論框架，一旦公佈，將顛覆科學界的基石，也可能引發巨大的危機。
這時門外突然傳來敲門聲，他過去開門。他的助手持續在整理文件時，聽到他與門外的人對話。其內容似乎是一場交易，助手隱約聽到CIA的字眼，也聽到雅各葛林伯格說，他的研究屬於全人類，不屬於任何國家或機構。隨後，雅各葛林伯格關上大門。
在文件整理完後，他吩咐助手保護這份文件，並交到瑪麗亞莎賓娜的手中，他要去進行一場最後的實驗，但並未說明實驗內容，只說到，他在實驗完成後，會回到家與家人一起過生市。雅各葛林伯格隨即穿上外套，離開了實驗室。這也是他最後一次，被人目擊到的身影。
12月12日，雅各葛林伯格的家人為他準備了48歲生日派對，但他未出現。由於他經常突然旅行或數天不接電話，起初家人並未覺得異常，但數日後，他的妻子特蕾莎曼德拉（Teresa Mandala）也跟著消失，他的家人至此才驚覺事件的嚴重性，並報警處理。
雅各葛林伯格的失踪事件成為眾多陰謀論的焦點，他的研究領域及突然消失令事件撲朔迷離。一些陰謀論認為，他的研究成果觸及了意識與現實交互的深層領域，可能具有改變社會控制結構的潛力。且因他的理論及潛在的軍事應用，如心靈操控或量子意識技術有關，有人懷疑CIA可能試圖奪取他的研究，甚至令他消失。也有人認為，墨西哥政府擔心他的研究會引發宗教和科學的衝突，因而綁架了他。
不過，有部份研究學者認為，雅各葛林伯格成功研究出 “意識矩陣” ，推測他突破了現實的限制，進入了另一個意識維度。墨西哥薩滿社群則認為，他在進行了一次薩滿儀式時，可能觸及了未知力量，導致他被某種超自然的實體 “抹除” 。
